Säugetiere (ohne Fledermäuse)
 
Von den 100 ehemals in Deutschland vorkommenden Säugetierarten kommen momentan ca. 87 Arten in Deutschland vor. Davon waren 12 oder 13 Arten nicht heimisch, sondern sind durch den Menschen eingeführt worden (z.B. Waschbär, Mink). Von den 79 Säugetierarten ohne Fledermäuse sind 37 Arten oder ca. 48% einer der Kategorien 0 bis R der Roten Liste zugeordnet. Unter den ausgestorbenen Arten sind Großsäuger wie Elch, Braunbär, Wolf und Wisent. Für Arten wie Elch und Wolf besteht die Möglichkeit aus benachbarten Gebieten wieder einzuwandern. Erst vor kurzer Zeit ist ein Wolfsrudel auf einen Truppenübungsplatz im Osten Deutschlands eingewandert. Ob die Population dort bodenständig sein wird, muß abgewartet werden.
Die Biologie und Ökologie der meisten Arten ist gut erforscht. Säugetiere eignen sich deshalb und aufgrund ihrer z.T. großen Aktionsradien und Mobilität insbesondere um funktionale Beziehungen zwischen Landschaftsteilen aufzuzeigen und mögliche Konflikte mit geplanten Bauwerken (besonders Straßen, Autobahnen) zu erkennen. Die so gewonnenen Erkenntnisse dienen dabei oft zur Planung von Wildtierdurchlässen und anderen Querungsbauwerken. Große, mobile Arten können zur Bestimmung von Minimumarealen im Rahmen von Schutzgebietsausweisungen herangezogen werden. Kleine Säuger (Bilche, Spitzmäuse) zeigen Umweltveränderungen oder Funktionsbezüge auf kleinem Raum an. Sie sollten so auch Teil jeder Arteninventarisierung eines Untersuchungsgebietes sein.
Genauso vielfältig wie die Zahl der heimischen Säugetierarten ist auch die Zahl der Methoden zu ihrer Erfassung. Bei den Kleinsäugern gibt es u.a. folgende Methoden:
- Gewölleanalysen
- Milchboxen und Haarhaftröhren
- Köderstationen
- Nistkastenkontrollen
- Tennisballmethode

Bei der Gewölleanalyse werden die Gewölle von Eulen auf Überreste von Kleinsäugern untersucht. Diese Methode eignet sich auch zum Nachweis seltener Arten. Die Daten geben allerdings nur eine Übersicht über das Vorkommen der Arten, da die Kleinsäuger nicht punktgenau kartiert werden, sondern ihr Vorkommen vom Aktionsradius der Eule beeinflusst ist.